實(shí)驗(yàn)室于2003年批準(zhǔn)建設(shè)，2006年通過教育部驗(yàn)收，2009年通過教育部組織的評估，評為良好實(shí)驗(yàn)室。實(shí)驗(yàn)室主任為王超院士，學(xué)術(shù)委員會主任為張建云院士。
實(shí)驗(yàn)室瞄準(zhǔn)現(xiàn)代湖泊科學(xué)的國際前沿，針對國家淺水湖泊治理的重大需求，圍繞淺水湖泊水動力過程與生態(tài)環(huán)境演變規(guī)律、湖泊及相關(guān)流域的水環(huán)境保護(hù)與生態(tài)修復(fù)、水災(zāi)害形成機(jī)理及防災(zāi)減災(zāi)、自然資源可持續(xù)開發(fā)與利用等研究方向，立足于應(yīng)用基礎(chǔ)研究和高新技術(shù)開發(fā)相結(jié)合，以揭示人類活動對淺水湖泊生態(tài)環(huán)境變化的作用機(jī)制和淺水湖泊水災(zāi)害形成機(jī)理為主線，重點(diǎn)解決淺水湖泊綜合治理和資源開發(fā)的理論方法與關(guān)鍵技術(shù)。
實(shí)驗(yàn)室在解決我國淺水湖泊重大科技問題和工程技術(shù)中發(fā)揮了重要的作用，成為國內(nèi)淺水湖泊綜合治理與資源開發(fā)方面的高水平科學(xué)研究平臺、技術(shù)開發(fā)中心與人才培養(yǎng)基地。
實(shí)驗(yàn)室現(xiàn)有研究人員50余人。近五年來承擔(dān)科研經(jīng)費(fèi)約1.1億元，作為首席主持國家“973計劃”項(xiàng)目1項(xiàng)，主持國家“973計劃”項(xiàng)目課題3項(xiàng)和子課題3項(xiàng)、國家水體污染控制與治理科技重大專項(xiàng)課題1項(xiàng)和子課題15項(xiàng)、國家“863計劃”課題2項(xiàng)和子課題1項(xiàng)、國家自然科學(xué)基金重點(diǎn)項(xiàng)目2項(xiàng)和面上（青年）項(xiàng)目23項(xiàng)，部省級基金、公益性項(xiàng)目和科技創(chuàng)新項(xiàng)目等36項(xiàng)。獲國家科技進(jìn)步二等獎1項(xiàng)，部省級科技獎勵15項(xiàng)；申請國家發(fā)明專利150余項(xiàng)，授權(quán)47項(xiàng)；發(fā)表核心期刊論文350余篇，其中“三大檢索”論文250余篇；出版專著、教材和標(biāo)準(zhǔn)8部；科研成果轉(zhuǎn)化項(xiàng)目數(shù)112項(xiàng)。
